Jan Paweł II odbył dwie podróże apostolskie na Maltę. Pierwszą w 1990 roku (25 – 27 maja), drugą w 2001 roku (8 – 9 maja). Oprócz tych dwóch wizyt papież przebywał też kilka godzin na wyspie 1 września 1990 roku. Samolot, którym udawał się wtedy w podróż apostolską do Tanzanii, Burundi, Rwandy i Wybrzeża Kości Słoniowej musiał, z powodu usterki lądować na lotnisku w Luqa.

W czasie pielgrzymki w maju 1990 roku Jan Paweł II m.in.:

• odwiedził konkatedrę św. Jana w Valletcie,
• spotkał sie z Prezydentem Malty w Pałacu wielkich mistrzów,
• odwiedził Sanktuarium w Mellieħa,
• odprawił msze świętą w Bazylice Ta’ Pinu,
• odwiedził katedrę w Victorii na Gozo,
• odwiedził St Julians,
• odprawił msze świętą dla młodzieży na stadionie w Ta’ Qali,
• odwiedził Mdinę i Rabat,
• pobłogosławił posągu Chrystusa (Kristu tal-Baħħara) i obserwował jego zatopienie u brzegów wyspy św. Pawła.

Podczas pielgrzymki w maju 2001 roku Papierz odprawił msze świętą we Florianie, na Placu Spichlerzy. W trakcie mszy beatyfikował trójkę Maltańczykó w:Ġorġa Prece, Marie Adeodate Pisani i Ignatiusa Falzon. Spotkał się też z członkami Societas Doctrinæ Christianæ M.U.S.E.U.M. w Ħamrunie.

Z pielgrzymkami Jana Pawła II związane są liczne na Malcie tablice pamiątkowe, znajdujące się m.in.:

• Pałac Wielkich mistrzów w Valletcie – na murze od strony ul. Republiki,
• Konkatedra św. Jana w Valletcie – na murze od strony ul. Republiki,
• Konkatedra św. Jana w Valletcie – wewnątrz świątyni,
• w grocie św. Pawła w Rabacie – tablica u stóp posągu św. Pawła i tablica na ścianie groty,
• na ścianie kościoła św. Pawła w Rabacie.